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Blog d'actualités

Cette rubrique vise à faire un suivi de l'actualité sur la biologie synthétique. Flux rss du blog



Course de la cellule la plus rapide

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Première course mondiale de vitesse pour cellules

Construire le bolide, pardon, le bolide, le plus rapide !

Office parlementaire d'évaluation des choix scientifiques et technologiques

Mercredi 4 mai 2011 de 14 heures à 18 heures

Audition publique ouverte à la presse sur "Les enjeux de la biologie de synthèse"

Programme

La biologie de synthèse se définit par la conception de systèmes biologiques artificiels, en couplant modélisation mathématique et méthodes biomoléculaires.

Son émergence est fondée sur la progression rapide des connaissances fondamentales en biologie et en chimie du vivant, ainsi que sur l'interaction entre nanotechnologies, sciences de la vie et de l'information. La présente audition publique -organisée par Mme Geneviève Fioraso, députée, dans le cadre du rapport qu'elle établit sur les enjeux de la biologie de synthèse- se propose, d'une part, d'en examiner les enjeux industriels. Bien qu'elle ne soit encore qu'une discipline émergente, les applications potentielles de la biologie de synthèse pourraient concerner de multiples domaines -santé, environnement et énergie-, au point que certains scientifiques y voient la nouvelle révolution industrielle de ce siècle. Une telle perspective nous amène à engager une réflexion sur la propriété intellectuelle et la normalisation.

D'autre part, il s'agit d'analyser les défis sociétaux. Car, comme d'autres technologies proches touchant au vivant ou à l'infiniment petit -telles que les OGM- la biologie de synthèse pose toutes les questions relatives à la relation entre science et société.


Can Hobbyists and Hackers Transform Biotechnology?

In his new book Biopunk: DIY Scientists Hack the Software of Life, Marcus Wohlsen explores the new movement in garage-based biotech.

By Amanda Gefter, Thursday, April 21, 2011

Original link

For most of us, managing our health means visiting a doctor. The more serious our concerns, the more specialized a medical expert we seek. Our bodies often feel like foreign and frightening lands, and we are happy to let someone with an MD serve as our tour guide. For most of us, our own DNA never makes it onto our personal reading list. Biohackers are on a mission to change all that. These do-it-yourself biology hobbyists want to bring biotechnology out of institutional labs and into our homes. Following in the footsteps of revolutionaries like Steve Jobs and Steve Wozniak, who built the first Apple computer in Jobs's garage, and Sergey Brin and Larry Page, who invented Google in a friend's garage, biohackers are attempting bold feats of genetic engineering, drug development, and biotech research in makeshift home laboratories. In Biopunk, journalist Marcus Wohlsen surveys the rising tide of the biohacker movement, which has been made possible by a convergence of better and cheaper technologies. For a few hundred dollars, anyone can send some spit to a sequencing company and receive a complete DNA scan, and then use free software to analyze the results. Custom-made DNA can be mail-ordered off websites, and affordable biotech gear is available on Craigslist and eBay.

Wohlson discovers that biohackers, like the open-source programmers and software hackers who came before, are united by a profound idealism. They believe in the power of individuals as opposed to corporate interests, in the wisdom of crowds as opposed to the single-mindedness of experts, and in the incentive to do good for the world as opposed to the need to turn a profit. Suspicious of scientific elitism and inspired by the success of open-source computing, the bio DIYers believe that individuals have a fundamental right to biological information, that spreading the tools of biotech to the masses will accelerate the pace of progress, and that the fruits of the biosciences should be delivered into the hands of the people who need them the most.

With all their ingenuity and idealism, it's difficult not to root for the biohackers Wohlsen meets. Take MIT grad student Kay Aull, who built her own genetic testing kit in her closet after her father was diagnosed with the hereditary disease hemochromatosis. "Aull's test does not represent new science but a new way of doing science," Wohlsen writes. Aull's self-test for the disease-causing mutation came back positive. Or take Meredith Patterson, who is trying to create a cheap, decentralized way to test milk for melamine poisoning without relying on government regulators. Patterson has written a "Biopunk Manifesto" that reads in part, "Scientific literacy empowers everyone who possesses it to be active contributors to their own health care, the quality of their food, water and air, their very interactions with their own bodies and the complex world around them."

Biohackers Josh Perfetto and Tito Jankowski created OpenPCR, a cheap, hackable DNA Xerox machine (PCR stands for "polymerase chain reaction," the name for a method of replicating DNA). Interested biohackers can pre-order one for just over $500 or, once it's ready, download the blueprint free and make their own. According to the website, its apps include DNA sequencing and a test to "check that sushi is legit." Jankowski "hopes to introduce young people to the tools and techniques of biotech in a way that makes gene tweaking as much a part of everyday technology as texting," Wohlsen writes. Jankowski, together with Joseph Jackson and Eri Gentry, also founded BioCurious, a collaborative lab space for biohackers in the Bay area. "Got an idea for a startup? Join the DIY, 'garage biology' movement and found a new breed of biotech," their website exhorts.


Compte rendu parlementaire sur la biologie synthétique

COMPTES RENDUS DE L' OFFICE PARLEMENTAIRE D'EVALUATION DES CHOIX SCIENTIFIQUES ET TECHNOLOGIQUES

L'office parlementaire d'évaluation des choix scientifiques et technologiques engage une étude sur la biologie synthétique.

Mardi 15 février 2011

Lien vers le compte rendu de l'étude de faisabilité


Synthetische Biologie - Stellungnahme

Lien vers le rapport (Allemand)

Akademie der Naturforscher Leopoldina acatech – Deutsche Akademie der Technikwissenschaften Deutsche Forschungsgemeinschaft

Inhalt Vorwort 4 Kapitel 1 Zusammenfassung und Empfehlungen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7 Kapitel 2 Einführung 11 Kapitel 3 Ausgewählte Forschungsfelder . 15 3.1.Chemische Synthesen von Genen und Genomen 15 3.2.Entwicklung von Minimalzellen – Zellen reduziert auf essenzielle Lebensfunktionen 16 3.3.Generierung von Protozellen – Artifizielle Systeme mit Eigenschaften lebender Zellen 18 3.4.Design von maßgeschneiderten Stoffwechselwegen . 19 3.5.Konstruktion von komplexen genetischen Schaltkreisen . 20 3.6.Schaffung von orthogonalen Biosystemen Kapitel 4 Aktuelle Herausforderungen . 23 4.1.Ökonomische Aspekte . 23 4.1.1 Marktpotenziale 23 4.1.2 Patentrechtliche Fragen . 24 4.2.Forschungsförderung und Ausbildung 4.3.Sicherheitsfragen . 26 4.3.1 Biologische Sicherheit (Biosafety) 26 4.3.2 Synthetische Biologie als Sicherheitstechnik 27 4.3.3 Schutz vor Missbrauch (Biosecurity) 28 4.3.4 Begleitendes Monitoring . 29 4.4.Ethische Fragen . 29 Anhang A) Textgenese und Zusammensetzung der Arbeitsgruppe 33 B) Programm des Workshops . 35 C) Glossar . 36


Génome Synthétique porté à la vie

Dernier volet de la Saga Venter: après avoir synthétisé un chromosome artificielle à partir de l'information de séquence connue sur ordinateur, après avoir transplanté un chromosome d'une bactérie dans une cellule d'une autre souche voici le succès du program: le chromosome artificiel amené à fonctionner et se reproduire dans une cellule dont il est devenu le programme.

  • On sait désormais synthétiser des chromosomes (petits).
  • Les charger (transplanter) dans des cellules hôtes.
  • Faire vivre celles-ci avec leur nouveau chromosome ("booter votre ordi avec un nouvel OS").

Reste à apprendre à programmer l'OS

Lien vers la présentation de l'article sur Science

Quelques liens de presse à ce sujet: The Guardian

Lien vers des réactions et polémiques sur ces travaux, en français.


Livre sur la biologie synthétique :NAKFI Synthetic Biology: Building a Nation's Inspiration: Interdisciplinary Research Team Summaries

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"The National Academies Keck Futures Initiative in 2009 focused on Synthetic Biology to generate new ideas about how to program and control both simple and complex biological systems. The possibilities synthetic bi- ology offer are clear but challenges are significant because, as one participant said, “We cannot yet program cells the way we can program computers,” and that is what needs to happen. To explore the engineering, scientific and social aspects of synthetic biology, researchers, as well as individuals from funding, industry, and government agencies who participated in the Futures Initiative on Synthetic Biology joined one of 12 Interdisciplinary Research (IDR) teams comprising about a dozen leading researchers whose job was to think creatively, outside the proverbial “box” about how to move the field forward."

lien vers le livre en ligne


Conférence internationale de Biologie synthétique à Evry (Décembre 2010)

Genopole® has the pleasure to announce

the International Conference on

SYNTHETIC BIOLOGY

Bottom-up, Top-down and Cell-free approaches, Intellectual Property issues

that will be held on December 15th and 16th, 2010 at the University of Evry-Val-d’Essonne, Evry, France

Several approaches of Synthetic Biology research have been individualized - Top-down, Bottom-up, and Cell-free systems - all of these having produced many encouraging results. Our conference will allow the worldwide leaders in Synthetic Biology to show their latest advances. As Synthetic Biology moves forwards, new Intellectual Property Right models need to be defined, and the choice of these models will have a major impact in shaping the future of Synthetic Biology. A session will be devoted to Intellectual Property to address these issues.

Our conference follows the Biomanufacturing Symposium also organized by Genopole® on December 14th, in which some applications of Synthetic Biology will be presented. Genopole® will award a limited number of grants to post-docs and PhD-students being the first author of an abstract selected for a poster or for a contributed talk. More information on http://syntheticbiology2010.genopole.fr


Colloque "Quelles interactions entre Biologie Synthétique et Micro-Nanotechnologies?"

Le 30 mars 2010, Minatec, Grenoble

Attach:minatec.jpg

Réunir des scientifiques de diverses disciplines, biologistes, chercheurs en microtechnologies et microfluidique, informaticiens, afin de les éclairer sur la biologie synthétique, sur les idées nouvelles issues de cette démarche d'ingénerie en biologie et susciter une curiosté et un intéret réciproque sont les objectifs principaux de ce séminaire. Les deux communautés "biologie synthétique" et "micro-nanotechnologies" seront ainsi invitées à jeter un regard croisé sur des univers traditionnellement disjoints.

La biologie synthétique consiste, en utilisant des composants ou systèmes biologiques, à modifier des cellules vivantes pour leur conférer des fonctions non « naturelles » et ceci par exemple, par une approche de standardisation (biobricks) ou dans un horizon beaucoup plus lointain, d'imaginer reconstituer des cellules vivantes (cellule minimale,…). Les applications pourraient être nombreuses, par exemple pour créer des médicaments, guérir des maladies génétiques, fabriquer du bio-fuel, ou pour des retombées entrevues en terme d’architectures nouvelles pour le traitement de l’information. Le lien avec les micro et nanotechnologies pourrait s’établir via la taille commune des objets mis en jeu dans les deux cas mais aussi via l’approche d’ingénierie.

La journée sera donc divisée en deux parties. La matinée portera sur la biologie synthétique avec une introduction pour les non spécialistes. Les orateurs montreront ce qui la différencie de la biologie moléculaire et du génie génétique « classique ». L'après-midi,les orateurs détailleront quels outils des micro et nanotechnologies pourraient être utiles à la communauté de la biologie synthétique pour trier, manipuler, observer et contrôler ou simplement comprendre les populations de bactéries et plus généralement des systèmes biologiques. En complément de ces deux parties, les questions éthiques que soulève la biologie synthétique seront abordées.

Programme complet et inscription accessibles sur : www.omnt.fr


L'agence de la recherche militaire américain (DARPA) finance des recherches di biologie synthétique

La Defense Advanced Research Projects Agency (DARPA) lance un programme de 6 millions de dollars en biologie synthétique.

Racconté sur ce billet dans wired


Podcast de Nature bioproduction de carburant par E. coli

Dans l'édition du 28 janvier 2010, décidémment deux semaines de suite la biologie synthétique dans les podcasts de Nature.

Microbial fuel production E. coli engineered to convert plant mulch into biodiesel

A propos du nouvel article du groupe de J. Kaesling

Microbial production of fatty-acid-derived fuels and chemicals from plant biomass


Dix ans après : la synchronisation des oscillateurs

En janvier 2000 Nature publiait un article qui allait faire date: la première bactérie avec un oscillateur génétique artificiel réalisée par M. Elowitz et S. Leibler. Les bactéries oscillaient bien, mais rapidement les oscillations s'estompaient et ne restaient pas en phase. Dix ans après Nature publie le résultat du groupe de Jeff Hasty sur de colonies de E. coli oscillantes capables de se synchroniser.

Video spectaculaire à voir !

(:youtube pnjdAr4EjI0:)

Lien vers la publication originale (anglais)

Numéro spécial de Nature Biotechnology sur la Biologie synthétique

Ici

Editorial: ''Unbottling the genes: The ability to plug and play synthetic genes into minimized genomes promises to transform biological engineering.''


The Synthetic Biology Project

Attach:syntheticbiologyproject.jpg

Initiative portée par le Woodrow Wilson International Center for Scholars (Centre américain visant le développement de liens entre la sphère académique et intellectuell et la sphère politique) et soutenue par la fondation Alfred P. Sloan Foundation ainsi que le Hastings Center and l'Institut J. Craig Venter Institute.

Avec comme motto "Assurer que les bienfaits aient lieu avec un développement responsable" (Ensuring benefits are realized through responsible development) http://www.synbioproject.org/?gclid=CLjX4eudqJ0CFcQSzAodLWdvlg? a pour but de promouvoir des échanges de qualité avec le grand public et les milieux politiques sur les progrès de la biologie synthétique.

Cet organisme promoeut des rencontres et des études sur la biologie synthétique. Le site web contient de nombreuux liens vers des documents de synthèse. Un travail qui semble sérieux, dont l'orientation de fond serait à analyser plus en profondeur.


European Systems & Synthetic Biology conference à Evry (France)

Grande conférence à deux pas de Paris avec pannel mixre d'intervenants académiques et industriels.

Conférencesponsorisée par GeneExpression Systems

Le programme ici


A SHORT COURSE ON SYNTHETIC GENOMICS [7.30.09]

George Church & J. Craig Venter

Lien vers ce cours vidéos intégrales en ligne. Impressionant.

Attach:church_venter.jpg

On July 24, 2009, a small group of scientists, entrepreneurs, cultural impresarios and journalists that included architects of the some of the leading transformative companies of our time (Microsoft, Google, Facebook, PayPal), arrived at the Andaz Hotel on Sunset Boulevard in West Hollywood, to be offered a glimpse, guided by George Church and Craig Venter, of a future far stranger than Mr. Huxley had been able to imagine in 1948.

In this future — whose underpinnings, as Drs. Church and Venter demonstrated, are here already — life as we know it is transformed not by the error catastrophe of radiation damage to our genetic processes, but by the far greater upheaval caused by discovering how to read genetic sequences directly into computers, where the code can be replicated exactly, manipulated freely, and translated back into living organisms by writing the other way. "We can program these cells as if they were an extension of the computer," George Church announced, and proceeded to explain just how much progress has already been made. ...

— George Dyson,


Les opportunites et les risques de la biologie synthetique

L'Allemagne se doit d'instituer un debat publique sur la biologie synthetique [1] : telle est l'opinion de l'Agence de moyens pour la recherche allemande (DFG), l'Academie allemande des sciences techniques acatech et l'Academie allemande des sciences naturelles Leopoldina . Les trois institutions ont publie ensemble leur prise de position a ce sujet. Les scientifiques attribuent a ce domaine de recherche un "fort potentiel", en particulier pour la production de vaccins et de medicaments dans un avenir proche, mais aussi le developpement ...

Redacteur : Lena Prochnow, lena.prochnow@diplomatie.gouv.fr

Lire la suite de cet article sur le web


Transfert de genomes entre différentes branches du vivant !

Des chercheurs de l'institut J Craig Venter ont cloné un génome bactérien dans la levure, l'ont modifié puis transplanté à nouveau dans une cellule bactérienne !

Une étappe de plus vers dans la manipulation de génomes entiers. Il faut voir ce travail dans la perspective du transfert de génomes synthétiques dans des bactéries. L'année dernière l'institut Craig Venter a été capable de synthétiser dans la levure un chromosome bactérien entier à partir d'une séquence codée dans une base de données. L'enjeu sera de transférer le chromosome artificiel à partir d'une celleule de levure dans une bactérie hote à la place de son chromosome natif. La recherche présentée ici ouvre la voie à cette dernière phase : les chercheurs ont réussis à extraire un chromosome bactérien présent dans une levure vers une cellule bactérienne réceptrice. Il reste à faire la même opération avec un chromosome artificiel synthétisé dans la levure.

Vers un compte rendu

Vers un second compte rendu, dans "The Scientist"

Compte rendu dans The Scientist?


Do it yourself garage biology

Une discussion sur des projets de lancer l'équivalent de magazines de bricolage et d'expérimentation scientifique amateurs comme make et instructables, mais pour la biologie.

La discussion ici.


L'équipe iGEM PARIS est relançée !

Pour sa troisième participation à l'international Genetically Engineered Machines competition de biologie synthétique l'équipe étudiante iGEM PARIS se reconstitue pour l'édition 2009 !

iGEM Organisée par le MIT (Massachusetts Institute of Technology) depuis 2004, iGEM c'est 84 équipes en 2008 issues des meilleurs universités mondiales et rassemblant plus de 1200 étudiants participant . iGEM c'est des projets d'avant garde, conçus et développés par les étudiants: la reprogrammation de bactéries comme vaccin contre les ulcères et les cancers gastriques, des bactéries pour filtrer les toxines dans le sang et remplacer la dialyse dans les pathologies rénales, pour produire du courant électrique, pour détecter des toxines dans l'environnement et communiquer directement avec des appareils de mesure électroniques, des levures pour mesurer des quantités d'alcool et fabriquer des éthylotests etc... !

UNE EXPÉRIENCE DE FORMATION UNIQUE ! Pour des étudiants passionnés de sciences et technologies, motivés par la recherche, les biotechnologies du futur et tous leurs enjeux de société, participer à iGEM est une formidable occasions d'expériences professionnelles et humaines. Il s'agit de concevoir un projet de Recherche et Développement; organiser et mener un programme interdisciplinaire; travailler en équipe, gérer un laboratoire de biologie; communiquer et promouvoir son travail à l'international et enfin participer à une conférence mondiale au MIT !

CONSTITUTION DE L'ÉQUIPE iGEM 2009 L'équipe iGEM PARIS 2008 recrute 8 étudiants hautement motivés du L1 au M2 venant d'universités et écoles d'ingénieurs et de différentes disciplines: maths, info, physique, chimie, bio, pharma, médecine,ainsi que épistémologie, sociologie ou journalisme !

REUNION D'INFORMATION: 29 avril 2009 à 18h30

au Centre de Recherches Interdisciplinaires, Université Paris Descartes, site de Cochin, 2e étage, 24 rue du Faubourg St. Jacques, Paris 14e

Suivra un apéritif pour échanger avec les participants et encadrants précédents !

Plus d’informations : http://www.igem-paris.org, ou email:contact@igem-paris.org

Affiche : http://igem-paris.googlegroups.com/web/Affiche+iGEM+2009.pdf


Deux journées sur la biologie synthétique à Paris, les 17-18 avril 2009

Historical and Philosophical Foundations of Synthetic Biology

April 17-18, 2009, Salle Dussane, Ecole normale supérieure, 45 rue dUlm, 75005 Paris

Pour télécharger le programme.?


Les videos de la conférence Synthetic Biology 4.0

La grande messe de la biologie synthétique dont la dernière édition, la 4ème, a eu lieu à Hong Kong en octobre 2008

Attach:videosSB4.jpg

Lien vers les videos sur youtube


Des articles sur la biologie synthétique et la compétition iGEM dans "The Scientist"

La revue américaine "The Scientist" est une publication de vulgarisation au niveau d'étudiants et chercheurs dans les Sciences de la Vie qui couvre de nombreux aspects de l'actualité et de la vie scientifique dans le secteur biomédical. Elle a consacré plusieurs article au développement de la biologie synthétique et est un canal important pour la diffusion des idées promues par ce courant.

Attach:Standardize_what.jpg

Dans l'édition de Février 2009 un article revient sur la notion de standardisation de composants biologiques tels que visé par l'approche sous-jacente au concours iGEM.

Article "Standardize What?"


Vers une nouvelle molécule de la vie

Voici une article retraçant d'autres développements de molécules biochimiques différentes de celles naturelles qui permettraient de nouvelles application de biologie synthétique.

Un exemple de molécule artificielle

Voir aussi la discussion sur le confinement interne de modifications génétiques que permettrait l'usage de biomolécules synthétiques et le billet précédent sur l'ADN synthétique


Préparation d'un cycle de débat en France

Par l'association Vivagora

Pour plus de détails


Annonce de la synthèse chimique d'une molécule d'<ADN> entièrement artificielle

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Des chimiste japonais ont anoncé avoir créé la première molécule d'ADN consitutée presque totalement de composants artificiels. L'ADN est normalement consituté de quatre nucléotides natuelles ("bases") portées par une structure de molécules de sucre, qui sont les briques de construction dont la séquence code pour l'information génétique. Plusieurs chercheurs ont déjà été capables de fabriquer des molécules d'ADN qui incorporent certaines nucléotides non naturelles.

Le groupe de Masahiko Inouye à l'Université de Toyama est parvenu à inclure dans le squelette de sucre normal de l'ADN quatre bases artificielles en place des naturelles, créant une structure stable double brin ressemblant à l'ADN naturel, sans en être !

Cette nouvelle structure chimique est une étape vers des développement de biologie synthétique incompatibles avec les systèmes génétiques naturels. Cependant comme ces nouvelles molécules génétiques ont une stabilité plus grande que l'ADN naturel, les auteurs pensent d'avantage à des applications de stockage d'information que dans des applications "viivantes".

They hope to one day use their discovery to create a new biological information storage system that functions outside of the cell. Artificial DNA could be advantageously used instead of natural DNA due to its stability against naturally occurring enzymes and its structural diversity.

Illustration

L'article original Doi et al. Artificial DNA Made Exclusively of Nonnatural C-Nucleosides with Four Types of Nonnatural Bases. Journal of the American Chemical Society, 2008

Une présentation de ces travaux.


  • Royal Society - Synthetic biology scientific discussion meeting summary

lien vers le rapport

  • International Risk Governance Council - Synthetic Biology - Risks and opportunities of an emerging field

lien vers le rapport


Université de tous les Savoirs UTSL

Série de conférences en Juillet sur des thèmes de Biologie Synthétique

Attach:UTSL.jpg

Nouveau cycle de conférences : Qu'est ce que la vie ? Où en est-on de la connaissance du génome ?

Les conférences sont accessibles en streaming video

Vendredi 4 juillet à 18h30

  • Diversité du génome humain : de l’histoire des populations humaines aux maladies

infectieuses Par Luis Quintana Murci Directeur de l’unité de génétique évolution humaine, Institut Pasteur

Samedi 5 juillet à 18h30

  • L’homme transgénique : des possibilités infinies

Par Miroslav Radman, Généticien, Université Paris 5, faculté de médecine Necker et Jean-Claude Weill Immunologiste, Université Paris 5, faculté de médecine Necker

Dimanche 6 juillet à 18h30

  • Reproduction du génome : quel est son rôle dans le développement et la

différentiation ? Par Marcel Méchali Biologiste moléculaire, Directeur de recherches CNRS

Lundi 7 juillet à 18h30

  • Pourquoi et comment faire des formes de vie nouvelles ?

(de l’évolution Darwinienne à l’évolution Leibnizienne) Par Philippe Marlière Généticien, Isthmus France

Mardi 8 juillet à 18h30

  • Peut-on concevoir la cellule comme un ordinateur qui ferait des ordinateurs ?

Par Antoine Danchin Biologiste, Institut Pasteur


La Biologie synthétique discutée par le groupe de surveillance des technologies du parlement européen

The group discussing synthetic biology started by asking: “Why should TA be interested in synthetic biology?” Their answer was that synthetic biology is a concept with imaginative power, surrounded by uncertainty, and a typical example of emerging technologies where there is a need of information.

Future TA projects may assess what synthetic biology is, who is involved, what kind of dynamics, what actors think it may lead to, both with respect to intended and unintended consequences. Both national and international project designs were provided by this group

Références


Conférence de Biologie Synthétique à Evry les 26 ey 27 Juin 2008

NewSynBio Epigenesis 26/27 June workshop on Design Strategies for Synthetic Biology that starts Today.

Un beau programme.


La biologie Synthétique dans le rapport des bioltechnologies de l'OCDE

Réflexions pour une stratégie de développement de la biologie synthétique. Prospection technologique et économique.

Plus de détails

OCDE Biotechnology Update Internal Co-ordination Group for Biotechnology (ICGB) No. 19, 30 April 2008

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Le Rapport, voir page 13?


À quelle vitesse réagit une cellule stressée ? Où, comment caractériser les fonctions de réponses cellulaires.

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De nouveaux progrès ces dernières années combinant des techniques d'imagerie et de microfluidique permettent de suivre les comportements de cellules isolées suite à des changements des conditions environnementales parfaitement contrôlées. Ces techniques permettent d'étudier les comportements cellulaires et de caractériser avec précision les comportements de circuits de régulation. De telles mesures sont importantes pour connaître les dynamiques des éléments de circuits que l'on voudrait exploiter dans des applications de biologie synthétique.

Pascal Hersen, du laboratoire Matières et Systèmes Complexes, CNRS - Université Paris Denis Diderot a publié un article dans PNAS étudiants comment une cellule oumise à un stress, telle la modification de son environnement, éagit plus ou moins rapidement pour assurer sa survie. Chez la levure, cela passe par une succession de réactions connues, mais dont la dynamique n'avait jamais été étudiée. C'est désormais chose faite grâce au chercheur CNRS Pascal Hersen(1) et à ses collègues américains de l'Université de Harvard(2). Après avoir mis au point un dispositif de mesures simple et innovant, les scientifiques ont confirmé l'hypothèse selon laquelle au-delà d'une certaine fréquence de stimulation, la cellule de levure ne répond plus à un stress osmotique(3). Les chercheurs sont dorénavant capables de mesurer la vitesse de réaction pour ce stress, et surtout, de modifier celle-ci en supprimant certains gènes. Ces travaux ouvrent de nouvelles perspectives en ingénierie du vivant. L'idée est de construire des cellules aux fonctions biologiques novatrices et dont la dynamique est contrôlée. Ils sont publiés en ligne sur le site de la revue PNAS.

Lien vers plus de détails?


Victimless leather, R.I.P.

Attach:Victimless.jpg

Biologie Synthétique ? Exploration "artistique" d'un paradigme.

Le Museum of Modern Arts de New York a organisé une exposition fascinante de design, art et science Design and the Elastic Mind qui expose des créations dans le même cadre conceptuel que les nanosciences et les biotechnologies. La biologie synthétique y est aussi présente.

En particulier l'oeuvre Victimless leather par les artistes australiens Oron Catts et Zurr est surprenante car "vivante", faite d'un tissu de cellules souches en croissance. Ou plutôt était vivante, car elle a du être exécutée par la commissaire de l'exposition comme la croissance était trop rapide ! Que penser ?

Sur l'"exécution" de l'oeuvre

Interview de la commissaire Paola Antonelli présentant l'exposition, les relations entre design, art et science dans la société actuelle et le cas de l'oeuvre Victimless leather.

Le véritablement extraordinaire site web de l'exposition Design and the Elastic Mind.


Conférence "électronique" sur les aspects sociaux de la biologie synthétique

Attach:synbiosafe.jpg Une initiative originale dans le cadre du programme européen Synbiosafe : la tenue d'une "conférence" sous forme de forum internet sur les questions éthiques, sécurité, société soulevées par la biologie synthétique.

Pour plus de détails


Création d'un Pôle "Biologie Systémique et Synthétique" d'UniverSud Paris

Attach:BSSUniverSud.jpeg

Lancement au sein du PRES (Pôle de Recherche et Enseignement Supérieur) UniverSud qui regroupe plusieurs établissements universitaires au sud de Parsi (notamment Orsay) d'un "Pôle" sur le thème de la Biologie Systémique et Synthétique dans le but de faire se rencontrer et discuter tous les utilisateurs présents et futurs des ces concepts et de ces outils.

Un colloque de lancement est organisé les 5 et 6 mai 2008.

Lien vers la page du colloque.


European Center for Living Technology

Inauguration d’un laboratoire de cellules artificielles à Venise

Attach:ECLT.jpeg

Source: http://www.actinbiotech.com/?p=1583

Le 10 mars 2008 a été inauguré le LivingTech Laboratory, un centre d'excellence dédié aux bionanotechnologies, au sein du parc Vega de Venise. Le centre est l'un des premiers laboratoires européens consacré à la biologie de synthèse et s'occupe de la construction de modèles expérimentaux de cellules artificielles simples. Le prototype de cellule constitué d'une membrane et d'ADN de synthèse élaboré par les chercheurs pourra être utilisé pour produire des principes actifs ou des médicaments dont l'action doit être dirigée vers des organes cibles. Ces cellules artificielles peuvent également être utilisées pour la synthèse de composés rares ou coûteux. Le but des chercheurs est d'arriver à comprendre à travers ces modèles simplifiés créés en laboratoire, comment fonctionnent des systèmes plus complexes. Le laboratoire a reçu un financement de la Fondation de Venise d'environ 1,5 million d'euros. Il travaille en collaboration avec de nombreuses Universités européennes, regroupées dans le consortium European Centre for Living Technology, dont le siège est à Venise. Le projet collectif a été dénommé Pace (Programmable Artificial Cell Evolution) et recevra un financement de l'Union Européenne de 8,5 millions d'euros.

Plaquette de l'inauguration

Lien vers la page web du laboratoire ECLT


Meeting de la Royal Society les 2 et 3 juin 2008

Rencontre organisée par la Royal Society à Londres pour discuter du futur de ce domaine au Royaume Uni.

Pour plus de détails


Conférence à Saint Petersbourg

Attach:NanoBio2008.jpg

Une conférence qui s'annonce très intéressante avec un spèctre large sur les nanotechnologies, biotechnologies et biologie-synthétique. Illustration caractéristique de la convergence de discplines différentes pour une nouvelle Science et de nouvelles applications "nano". Texte de présentation de la conférence très intéressant.

The Second Saint-Petersburg International Conference on NanoBiotechnologies June, 16-18 2008, Saint-Petersburg Russia

The NANOBIO'08 is intended to give a comprehensive picture of the latest R&D breakthroughs in Nanobiotechnology, to discuss open problems and define future trends in this exciting field. Biological systems are inherently nano in scale. Nanobiotechnology is at the interface of physical and biological sciences. It is a new R&D direction, with the potential of revolutionizing medicine: it combines the tools, ideas and materials of nanoscience and biology; it addresses biological problems that can be studied and solved by nanotechnology; it thinks out ways to construct molecular devices using biomacromolecules; and it attempts to build molecular machines utilizing concepts seen in nature. Biology is increasingly asking quantitative questions. Quantification is essential if we are to understand how the cell works, and details of its regulation. The physical sciences provide tools and strategies to obtain accurate measurements and simulate the information to allow to comprehend the processes. The development of computational modeling and informatics software will enable scientists and engineers to apply nanotechnology to key areas of medical research, including diagnostics, biosensing, drug delivery and biomaterial design. The aim of this event is to set the discussion between biologists, physicists, computer scientists and engineers, traditionally divided groups, and bridge the gap between materials science and life science.

This event will bring together leading scientists, representatives of industry, public research and governmental bodies and will provide the international forum for exchange of information and expertise in the area of Nanobiotechnology. The organizers hope that the event will be an ideal platform for experts from around the world to interact, network and exchange ideas. During NanoBio'08 conference a special session will be devoted to the responsible approach of development of Nanobiotechnology. The main objective of the special session is to discuss joining of Russia to the bodies responsible for international cooperation on environmental, health and safety impacts of nanobiotechnology; to present and to launch Russian Technology Platform "Nanobiotechnology. The session will provide new possibilities for strengthening and enhancing international cooperation between European and Russian scientists in the area of Nanobiotechnology, in particular in the fields affiliated to the Thematic Priority 4 of FP7 - NMP. The scientific program NanoBio'08 will consist of oral, poster and position presentations. The first conference (Nanobio'06) was held on November 27 -29, 2006 at the Saint-Petersburg Physico-Technical Center for Research and Education of RAS. It was focused on biological aspects of nanobiotechnology.

Topics

  • Artificial Nanostructures
  • Self-organized Nanostructures
  • Nanoscale organization of biological systems
  • Nanocarbon
  • Energy Nanomaterials
  • System Biology
  • Synthetic Biology
  • Nanobionics
  • Molecular Design
  • Synthetic Biology
  • Integrative Data and Text Mining Approaches
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Competitions Russian Young Scientists Competition (UMNIK). See www.fasie.ru. Official Language English will be the official language of the conference


Fabrication d'enzyme artificielle

Des scientifiques de l'université de Washington et du Weizman Institute ont fabriqué une enzyme artificielle en partant d'un design in silico suivi par une phase d'optimisation de l'activité par de l'évolution moléculaire in vitro !

Lien vers une news détaillée en anglais (publié d'ailleurs sur un excellent blog de Science)

Lien vers l'article, pour qui a accès à Nature... Sergio G Peisajovich, Dan S Tawfik, ' Protein engineers turned evolutionists', Nature Methods 4, 991 - 994 (01 Dec 2007)doi: 10.1038/nmeth1207-991.


Ouverture du site web de la conférence Synthetic Biology 4.0

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La conférence se tiendra à Hong-Kong du 10 au 12 octobre 2008. En parallèle des sessions traditionnelles un fonctionnement "communautaire" est prévu sur le modèle des sciFoo camp avec des activités initiées et animées par les participants eux-mêmes. A suivre...

Objectifs de la conférence, rassembler des chercherus qui travaillent sur:

  • conception et construction de composants biologiques, dispositifs et systèmes biologiques intégrés.
  • développement de technologies pour permettre ce travail
  • placer cette recherche scientifique et technologique dans le contexte social actuel et futur.

La conférence est organisée par la BioBricks foundation de Drew Endy.


Interview de Craig Venter

(:youtube A-mCWIGVgmQ:)


Workshop Biologie Synthétique à l'Institut Pasteur

Le 12 mars 2008 s'est tenu la première journée scientifique française de biologie synthétique avec des présentations par plusieurs chercheurs français actifs dans le domaine et des invités étrangers.

Plus de détails sur la journée ici.


Synthèse complète d'un génome bactérien

Une étappe supplémentaire a été franchie dans le programme de Craig Venter de fabrication d'une usine cellulaire. Après avoir annoncé en juin dernier la capacité de cloner un chromosome bactérien entier dans une bactérien hote. Il vient d'annoncer la capacité de synthétiser entièremennt, à partir de séquences d'ADN contenues dans une base de données, la molécule d'ADN génante formant le chromosome de la bactérie Mycoplasma genitalium. La prochaine étape de son programme sera d'insérer ce chromosome artificiel dans une cellule hote grâce à la technique publié l'été dernier. On pourra alors booter ce nouvel organisme obtenu à la manière dont on démarre un ordinateur avec un nouveau système d'exploitation...

Gageons dans 6 mois une nouvelle campagne de presse triomphante.

Lien vers un article du Monde sur ce travail

Lien vers un compte rendu de la présentation du programme de travail de l'équipe de C. Venter par Hamilton Smith (prix Nobel)


Club scientifique de biologie systémique et synthétique

Le club de Biologie Systémique et Synthétique est composé d'un groupe d’étudiants de diverses grandes écoles et universités parisiennes (ParisTech, Paris 5, Paris 7, Paris 11, ENS...) de nombreuses disciplines (biologie, médecine, physique, chimie, informatique...). Son objectif est de se réunir régulièrement pour discuter et étudier en intéraction avec des chercheurs les développements récents dans ces domaines scientifiques émergents. Le club cherche également à animer la communauté de biologie synthétique parisienne, et a préparer une équipe parisienne à la compétition internationale iGEM. L'année dernière ces réunions ont conduit à la première participation française, qui a connu le succès du billet précédent !

La première session du club aura lieu Vendredi 14 décembre à 18 h au CRI (Centre de Réflexions Interdisciplinaires) Faculté de Médecine Université René Descartes-Paris V Site Cochin Port-Royal 24, rue du Faubourg St Jacques 75014 PARIS 2ème étage salles 2017-2018

Plus d'informations sur le wiki du club :


La France à l'honneur

Article dans le Nouvel Observateur sur l'équipe parisienne

NOUVELOBS.COM | 30.11.2007 | 09:49

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Les membres de l'équipe (de gauche à droite, de haut en bas):Aurélien Rizk, David Puyraimond, David Bikard, Thomas Landrain, Eimad Shotar, Antoine Spicher, Gilles Vieira, Nicolas Chiaruttini, David Guegan.

Les membres de l'équipe (de gauche à droite, de haut en bas):Aurélien Rizk, David Puyraimond, David Bikard, Thomas Landrain, Eimad Shotar, Antoine Spicher, Gilles Vieira, Nicolas Chiaruttini, David Guegan. (DR) De jeunes étudiants parisiens des universités d'Evry, Orsay, de Paris-5, Paris-6, Paris-7, de l'Ecole Centrale de Paris, de l'Ecole Normale Supérieure et du Génopôle universités ont reçu le premier prix dans la catégorie "recherche fondamentale" au quatrième concours IGEM -International Genetically Engineered Machinery- organisé au MIT. Derrière ce nom anglais se cache une discipline émergente en science du Vivant : la biologie synthétique. Celle-ci vise à appliquer les méthodes de l'ingénierie à la biologie pour reprogrammer des organismes, par exemple, ou en créer de nouveaux, et leur faire exécuter des fonctions souvent inhabituelles (cf le dossier du n°709 de Sciences et Avenir, mars 2006). Des cultures cellulaires peuvent alors clignoter, changer de couleur, battre la mesure, exprimer des protéines d'intérêt thérapeutique...

Lien vers l'article complet

Lien vers le site web français de l'équipe

Lien vers le site web officiel de la compétition de l'équipe (en anglais).


Nouveau procédé d'amplification d'ADN sans enzymes pour la programmation de circuits biochimiques.

Article de recherche par David Yu Zhang, Andrew J. Turberfield, Bernard Yurke, Erik Winfree, California Institute of Technology.

Une nouvelle approche pour le design de circuits biochimiques à base d'ADN. Le système repose sur une amplification de séquences d'ADN sans l'intervention d'enzymes : des oligonucléotides (petites séquences d'ADN) entrée sont capables de catalyser la production d'autres oligonucléotides en sortie, pouvant elles-mêmes catalyser d'autres réactions. Dans chaque réaction un ADn catalysateur se lie à un brin complémentaire d'ADN et déplace les deux autres brins. Comme cette action augmente le désordre général (augmentation de l'entropie), la réaction est thermodynamiquement favorable et ne nécessite aucune enzyme pour avoir lieu.Plusieurs circuits ont été implémenté qui mettent en oeuvre cette méthode.

L'intérêt de cette invention est qu'il s'agit d'un système biomoléculaire basé sur l'ADN mais entièrement artificiel et a priori fortement programmable (n'importe quelle séquence peut-être amplifiée de la sorte). Ce système pourrait être une alternative sans enzymes à la PCR (Polymerase Chain réaction) qui a révolutionné la biologie moléculaire permettant déjà l'amplificiation de toute séquence d'ADN !

Publié dans Science du 16 November 2007 (Vol. 318. no. 5853, pp. 1121 - 1125)

Lien vers un article de vulgarisation sur le système, dans The Scientist (anglais).

Lien vers l'article de recherche dans la revue Science (accès payant à l'article)


Article d'orientation “Systems Biology in the European Research Area”.

Publié par le réseau européen ERASysBio pour la convergence des sciences de la vie avec les technologies de l'information et la science des systèmes.

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La biologie systémique est un domaine en développement depuis une décennie, issue des grands programmes de génomique et des avançées de la biologie à grande échelle. L'accumulation d'énormes quantités de données de biologie moléculaire, rendue possible par l'application en biologie de techniques venant de la micro-électronique, la robotique et l'informatique a ouvert des perspectives totalement inédites du vivant. La biologie systémique vise à donner un sens à l'ensemble des informations génétiques et moléculaires recueillies pour comprendre comment toutes les parties d'un organisme vivant qui sont reliées les unes avec les autres dans des réseaux complexes d'interactions aboutissent aux comportements coordonnés, sophistiqués du vivant.

Cet article retrace comment la biologie systémique est intrinsèquement interdisciplinaire, et la présence des mathématiques et des statistiques pour intégrer les données biologiques dans des modèles prédictifs des comportements biologiques.

Et la biologie syntétique ?

La biologie systémique cherche à comprendre l'organisation et la dynamique des systèmes biologiques. On peut concevoir la biologie synthétique comme la mise en application des connnaissances et méthodes de la biologie systémique pour construire de nouveaux systèmes, en s'inspirant du motto de Richard Feynmann "Je ne comprends vraiment que ce que je suis capable de recréer.

Lien vers l'article (texte en anglais)


Grand succès de l'équipe française à iGEM

Pour sa première participation l'équipe francilienne a gagné une médaille d'or pour ses contributions au registry des Biobricks, le premier prix de iGEM dans la section technologies fondamentales, et a été qualifiée dans la finale du grand prix !

L'équipe gagnante du grand prix a été celle Pekin.


Première équipe française au concours international iGEM de Biologie Synthétique au MIT

Le rassemblement final du concours étudiant de biologie synthétique iGEM aura lieu du 3 au 4 novembre 2007 au MIT, avec pour la première fois la participation d'une équipe française.

L'international Gene Engineered Machines competition (iGEM) organisée par le MIT (Massachusetts Institut of Technology) réunit depuis 2004 des équipes d'étudiants venant d'universités du monde entier pour inventer des systèmes biologiques synthétiques (http://parts.mit.edu/igem07/index.php/Main_Page). Ce premier week-end de novembre les équipes de tous les pays se réunissent au MIT pour le Jamboree iGEM et confronter leurs projets préparés durant l'été. La compétition iGEM a donné lieu ces dernières années a des publications dans les plus grandes revues scientifiques mondiales (Nature, Science...).

L'édition 2007 du Jamboree sera la plus grande à ce jour. 57 équipes y présenteront devant un jury prestigieux des projets très variés dont le point commun est la reprogrammation d’organismes vivants: des bactéries comme substitut sanguin, un organisme multicellulaire à partir de bactéries, des levures pour mesurer la qualité de l'huile d'olive, comment donner de la mémoire à des bactéries, des détecteurs bactériens pour la contamination en cuivre et mercure, un dispositif pour détecter les infections urinaire, une nouvelle approche contre le virus du sida, des piles à bactéries, ainsi que beaucoup d'autres inventions.

Portée par les étudiants eux-mêmes, cette année voit la première participation d'une équipe française constituée de 11 étudiants de niveaux L3 à M2 de différents établissements universitaires d'Ile de France et venant de cursus en physique, informatique, médecine et biologie, conformément à la démarche interdisciplinaire de la biologie synthétique. Le projet français a consisté dans la préparation du premier organisme synthétique multicellulaire bactérien, un nouvel outil pour l'ingénierie de systèmes biologiques complexes (http://parts.mit.edu/igem07/index.php/Paris) et la compréhension du mutualisme biologique. Dans ce but l'équipe a combiné à la fois des approches théoriques et expérimentales. Les étudiants français se sont retrouvés pour leur projet depuis le mois de mai et durant tout l'été au Centre de Recherches Interdisciplinaire (Université Paris Descartes) en dehors de leurs cursus universitaire et sans soutien direct de leurs établissements (à la différence de ce qui se pratique habituellement dans d'autres pays participants). Cette participation démontre le formidable potentiel attractif de iGEM pour l'apprentissage des sciences et technologies, de la recherche et du travail collectif. La participation de l'équipe française a été possible grâce au soutien financier généreux de la Fondation Bettencourt-Schueller, de Soffinova Partners, de l'ambassade de France à Washington, et du projet européen Synbiocomm.

Parvenir à la compétition finale à l'MIT a déjà été une réussite significative. Les gagnants de iGEM 2007 seront annoncés Dimanche 4 Novembre et donneront lieu à un communiqué ultérieur.


Une Synthèse de la conférence Synthetic Biology 3.0

Pratiquement toutes les présentations de cette conférences sont accessibles en ligne. Pas mal, mais il faut avoir la patience de toutes les écouter, sauf si on sait laquelle écouter tout particulièrement. Voir ici pour une synthèse, subjective, des interventions les plus marquantes. De quoi aider à faire un choix.


I am creating artificial life, declares US gene pioneer

Par Ed Pilkington in New York, The Guardian, Saturday October 6 2007

Dans cet article on trouve Craig Venter déclare que très prochainement il annoncera la construction d'un chromosome synthétique entier à partir de produits chimiques et des informations génétiques dans les bases de données d'ADN. Ce développement est bien sûr présenté avec renforts de publicités comme permettant de résoudre tous les problèmes énergétiques et le réchauffement du climat...

''Craig Venter, the controversial DNA researcher involved in the race to decipher the human genetic code, has built a synthetic chromosome out of laboratory chemicals and is poised to announce the creation of the first new artificial life form on Earth.

The announcement, which is expected within weeks and could come as early as Monday at the annual meeting of his scientific institute in San Diego, California, will herald a giant leap forward in the development of designer genomes. It is certain to provoke heated debate about the ethics of creating new species and could unlock the door to new energy sources and techniques to combat global warming.''


Appel d'un groupe de scientifiques pour le développement de la biologie synthétique

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Un groupe de 17 scientifiques réunis par la http://kavlifoundation.org/fondation Kavli de soutien aux nanosciences en juin 2007 a publié un appel très en faveur de la biologie synthétique. L'initiative d'un tel texte et son contenu démontre surtout le fort intérêt des milieux de la nanotechnologie pour les développements dans le champ biologique. C'est une illustration de la notion de technologie convergente pour la biologie synthétique, qui l'est encore plus que les nanotechnologies au sens strict. Le symposium après lequel cette déclaration a été publiée s'intitulait: 'The merging of bio and nano: towards cyborg cells'.

Forecasting a Revolution in Science, the Ilulissat Statement Concludes an International Meeting of Renowned Researchers at the Inaugural Kavli Futures Symposium


Création d'une mémoire cellulaire dans un eukaryote

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Rational design of memory in eukaryotic cells, Caroline M. Ajo-Franklin et al. GENES & DEVELOPMENT 21:2271-2276, 2007

Ce nouvel article de recherche du groupe de Pamela Silver à l'MIT fait la démonstration comment une mémoire cellulaire peut-être implémentée dans une cellule eukaryote. Le principe n'a rien de particulier, le sysème repose sur le comportement bien connu d'une boucle de régulation positive qui peut posséder deux états stable, actif ou inactif. La nouveauté réside dans la réalisation qui a été faite de ce type de circuit. Le dispositif présenté est facilement inductible, robuste et fidèle (l'état d'activation est hérité de façon stable sur de nombreuses générations de cellules).

Une telle mémoire pourrait-être utilisée dans des applications de recherche pour identifier des cellules soumises à des conditions particulière et déterminer si ces conditions sont corrélées à des comportements ultérieurs. Le module mémoire pourait-aussi être intégré dans des circuits plus grands qui amèneraitent la cellule à se différencier d'une certaine façon après des événements particuliiers.

Présentation de l'article sur TheScientist.com(anglais)

Lien vers l'article de recherche


Videos et proceedings de la conférence Synthetic Biology 3.0

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Cette édition de la première et principale série de conférences sur la biologie synthétiquue a eu lieu pour la première fois à Zürich en juin dernier. Elle a manifesté la montée en puissance de cette discipline en réunissant plus de trois cent chercheurs du monde entier. Devant l'affluence des demandes les organisateurs on du sélectionner les participants en privilégiant ceux qui présentaient au moins un poster.

Comme pour les précédentes éditions, des reprises vidéos des présentations sont en ligne, ainsi que les proceedings, sur le site de la conférence.


Advances in Synthetic Biology

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Une nouvelle conférence annoncée sur la biologie synthétique

Welcome to the inaugural Advances in Synthetic Biology conference and exhibition. Synthetic biology is the design and construction of new biological parts, devices and systems, and the re-design of existing, natural biological systems for useful purposes. Its interdisciplinary nature between science and engineering, as well as the many potential applications in the health, material and energy sectors, make this a particularly exciting conference.

Agenda Topics:

  • Design & Fabrication of Parts, Devices and Systems
  • The Chemistry of Synthetic Biology
  • Protein, Metabolic & Therapeutic Engineering
  • Cell & Tissue Engineering
  • Regulatory, IP, Ethical & Business Issues

Semble être une initiative privée de la société de conseil et communication Select Biosciences. Pas d'informations scientifiques disponibles.


Un nouvel interrupteur génétique

A Tunable Genetic Switch Based on RNAi and Repressor Proteins for Regulating Gene Expression in Mammalian Cells, par Tara L. Deans, Charles R. Cantor, and James J. Collins

Publication dans la revue Cell du 27 juillet 2007

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Les auteurs ont mis en oeuvre une approche de biologie synthétique pour créer un des composants d'un circuit génétique permettant d'allumer ou d'éteindre efficacement l'expression de certains gènes mis sous son contrôle. L'originalité est d'avoir combiné plusieurs systèmes de contrôle ensemble: l'interférence d'ARN, des protéines de répression et des réactions biochimiques avec des petites molécules. Ce système fonctionne dans des cellules mamifères.

Liens

Le groupe de James J. Collins de l'Université de Boston a très tôt été impliqué dans le courant actuel de biologie synthétique. Physicien de formation, J.J. Collins s'est d'abord intéressé à la modélisation de la dynamique de réseaux génétiques en appliquant des approches issues de la théorie systèmes dynamiques, avec en particulier la prise en compte du bruit dans des circuits. Ce groupe a rédigé des revues scientifiques de haut niveau très claires à propos de la modélisation de réseaux génétiques en vue d'applications à la bilogie synthétique.

Liens


Une bactérie change d'espèce par transplantation de génome

Une annonce de presse de AP(Washington) du 29 juin 2006 suite à l'annonce à la conférence Synthetic Biology 3,0 à Zürich par par le prix Nobel Hamilton Smith, qui travaille avec Craig Venter, de la substitution du chromosome d'une bactérie par un autre d'une autre espèce. (Cette annonce a été reprise telle quelle par de nombreux média français, Le Monde, Le Nouvel Observateur, et des sites web d'actualités technologiques, l'équipe de Craig Venter fait bien sa promotion...)

Une étape importante vient d'être franchie dans le domaine des manipulations génétiques: des scientifiques américains dont les travaux sont publiés dans la revue américaine "Science" annoncent avoir réussi à transformer une espèce de bactérie en une autre par "transplantation de génome" complet.t d'autres spécialistes. Ni si cela signifie forcément qu'un chromosome artificiel puisse à lui seul activer une cellule vivante...

Lien vers la suite de l'article?


Construction d'un virus détruisant les biofilms bactériens

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Une application concrête de Bio Synthétique: la construction d'un phage synthétique (un virus qui n'attaque que des bactéries) qui détruit les dépôts de protéines secrétés par des colonies de bactéries. Ces couches de dépôt, appelées biofilms, isolent les bactéries de tratiements avec des antibiotiques? L'existence de ces films représente un problème de santé public car ils empêchent la bonne stérilisation du matériel médical. Le phage développé par l'équipe de JJ Collins au MIT à Boston a réussi à éliminer plus de 99,99% des bactéries d'un biofilm, soit deux ordres de grandeurs de mieux qu'un phage naturel.

Liens

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